随着党风廉政建设和反腐败工作实践的不断深入，《处分条例》已不能完全满足这种新形势和现实工作的需要，其局限性日益凸显，主要表现在以下几方面。

突破了党内的范围。《处分条例》中贪污贿赂行为、违反财经纪律行为、失职渎职行为等条款的事实描述中，把国家工作人员、其他从事公务的人员、国有企业的管理人员等作为违纪行为主体，突破了党内的范围，造成适用中的困惑，影响执纪实效。

条例内容刑事化。《处分条例》的体例基本参照《刑法》，而刑事规范和党内法规因在制度定位、制度目标、适用范围等方面的巨大差异造成《处分条例》很多方面“嫁接不畅、水土不服”，内容大而全，庞杂繁琐，党纪特色不明显。分总则、分则和附则三编，一共15章，178条。总则分为五个章节主要是关于处分原则等总体性规定。第二章分则是整部法规的核心内容，对不同违纪行为的界定和具体罚则，分为10类违纪行为，其分类标准较为混乱，部分是按照党纪种类进行分类，如违反政治纪律、违反组织人事纪律的行为分类，其余多数按照刑法中犯罪行为类型分类，如失职渎职行为、侵犯党员权利公民权利、破坏社会主义经济秩序的行为、妨害社会管理秩序的行为，这些行为分类下的违纪行为刑事色彩浓厚，与对党组织、党员的特殊身份纪律要求切合度不够，使用率不高，有些条文几乎闲置。

缺乏有效衔接。《处分条例》第八章专门以一个章节11个条款规定了违反廉洁自律规定的行为，界定了违纪构成并按照情节轻重提出了具体的罚则。《中国共产党党员领导干部廉洁从政若干准则》提出领导干部廉洁从政52项禁止行为，违反廉政准则的行为如何适用《处分条例》，又通过一个实施办法加以细化，三个规范性文件存在较大程度的重复，效力层级不清，需要厘清它们之间的关系。另外，《中国共产党党内监督条例（试行）》《党政领导干部选拔任用工作条例》《中国共产党党员权利保障条例》也都有相关纪律处分的内容，造成重复交叉。

违纪标准不够明确。《处分条例》规定的很多违纪事实描述部分多为定性描述，缺乏定量描述，处分标准不清晰，容易造成执纪的自由裁量空间太大，处罚可能畸轻畸重，惩处宽严不一，影响纪律处分的公信力、约束力和执行力。影响惩戒实效的另一个重要因素就是，《处分条例》反映不出最新纪律建设和纪律处分的成功经验。